Ноги то одинаковые, да схемки у Плат могут быть разными.
Надо не разводку МК, а схемы платок сравнивать.
Вы же будете не "голый" МК использовать, а ту схему, что в плате Ардуино Уно заложена., но под свой проект.

Одинаковые, атмега 8, 48, 88, 168, 328

Схема Вашего устройства это не одно и то же, что схема ардуино UNO.
Ежли только не ситуация, когда Ваш проект изначально делался в рамках ардуиноIDE под платки ардуино-нано, про-мини или UNO.
Но тогда файл исходника должен иметь расширение *.ino да и вопрос "совместимости" автоматически становится лишним...

В ардуино загрузчик по uart, зашить его можно только по isp.
Для этого нужно подключить isp программатор, но не любой, а тот где есть деление на 8 вроде usbasp, и его тоже надо купить в китае. Во всех новых мегах с завода включен ckdiv8, возможно это такой китайский маркетинг чтоб покупали их програматоры.

Поэтому в начале подключив по isp надо через единственный в мире програматор avrdude подать команду где указана эта сигнатура, и например прочитать фьюзы или сигнатуру. Если читать только сигнатуру/калибровки вы получите фигу, без масла, поэтому читайте сразу фьюзы.
Если сконектилось удачно, она скажет что сигнатура не та, и надо другую. Есть десяток микросхем которые прошиваются одинаково, но сигнатуры у них разные и надо её точно знать.
И потом получив ответ с фьюзами в формате xx xx совать их в калькулятор.

В ардуино фьюзы одни стандартные с ними работать нельзя никак.
Можно только использовать avrdude которая валяется в папке ардуино.

Во первых мега8 она разная, она уже не продаётся поэтому продаётся только мега8а, у них разные техпроцесы и сигнатуры.
8 бинарно несовместима с другими мегами, поэтому компилировать под них надо отдельно. В общем то ардуино как раз компилирует перед каждой загрузкой.
Современная ардуино на меге 328 или меге 328b или других китайских не полных аналогах. На 168 меге ардуино наверно даже не продают.

Меги даже физически разные, 328b отличается на 2 ноги, а те что в dip имеют на 2 порта меньше.
Стандартной надо считать именно 328 в корпусе qfp. И она будет поддельная, поэтому на надёжность eeprom рассчитывать не надо. а лучше его вообще не использовать.

Не уверен что dip ещё продают, они наверно ещё и дороже. Самые дешёвые это pro, можно прошить и сдуть qfp, главное не покупать qfn они ещё дешевле.
Там рядом пьезокерамический резонатор размером 1х2 поэтому его можно потерять, тут к вопросу о многоразовости платы.

Казалось бы можно использовать модуль pro целиком, но у него не выведены ноги от кварца, а значит эти 2 порта использовать нельзя, даже если перешить на встроенный генератор. Как раз потому что там резонатор 1х2 и проще всё оторвать чем приделать проводок.

Поэтому подпаяться к ногам порта можно только на поделке от амперки искра мини, там кварц выводной.
Хотя в китае вроде бы есть с выводным кварцем, но только у амперки 2 ноги посередине ряда с шагом сетки которые встанут на макетку, у китайцев как и у оригинала они смещены

Так коты потеряли второго форумчанина.

Отвечу по своему вопросу. С помощю другой ардуины прошил загрузчик в мега8. В програме нужно выбрать плату NG or older, а не как я выбирал мега8 из миникор. Работает. Только Ресет в ручном режиме. Может проблема изначально были в выборе не той платы, не проверял.

Так под какой платформой изначально прошивку сделали (на "чистом" МК) той и загрузчик соответствовать будет. (и фузы в соответствии с настройками платформы)
Если миникоре (или иная) сначала на внешнем программаторе делаем "общее стирание", затем через АрдуиноISP железко на нанке (или иной из списка программаторов в ардуино IDE) по ISP выполняем " записать загрузчик", и лишь затем можно работать уже как с соответствующей платформой.