#define ADCSRA_START (1<<ADEN | 1<<ADSC | 1<<ADFR | 0b110 << ADPS0) //F_CPU/64
#define ADC_TIME_TIMER 30 //сколько тактов таймера длится аналого-цифровое преобразование. Пусть например 30
#define ADC_LOW      (0b01<<REFS0 | 0) //ADC0
#define ADC_HIGH   (0b01<<REFS0 | 1) //ADC1

ISR(TIMER1_COMPB_vect){
  static uint8_t flag_low = 0;
  if(flag_low){
    adc_H = ADCH;
    ADMUX = ADC_LOW;
    ADCSRA = ADCSRA_START;
    OCR1B = OCR1A - ADC_TIME_TIMER;
    flag_low = 0;
    PORTC |= (1<<4);
  }else{
    adc_L = ADCH;
    ADMUX = ADC_HIGH;
    ADCSRA = ADCSRA_START;
    OCR1B = ICR1 - ADC_TIME_TIMER;
    flag_low = 1;
    PORTC &=~(1<<4);
  }
}